战舰仓库功能主要由工程舰和部分载机型战舰实现，其核心作用是提升资源采集效率与存储容量。工程舰分为大、中、小型三类，型号越大则仓储属性和工程值越高。大型工程舰如721载货型（货拉拉）是首选，其仓储扩容技术强化后可显著减少资源运输往返次数。中型工程舰如X10在前期过渡阶段表现尚可，但后期需逐步替换为大型舰以优化效率。载机型战舰如AC721载机型虽非专职仓库，但因其携带仓储模块，可在编队中辅助提升舰队总存储量。
工程舰的仓储系统强化优先级高于其他模块。小型工程舰建议按仓库扩容→开采设备优化顺序加点；大型工程舰则优先点满三次开采设备优化后再强化仓储。前哨指挥中心对金属资源需求极高，需确保工程舰仓储量足以支撑连续开采。编组时可将富贵300多功能舰与小型工程舰搭配，利用前者容量加成提升整体采集效率。计划圈布置需注意矿区中心点位置，尽量靠近曲率航行路径以减少常规移动耗时。
载机型战舰作为仓库的辅助选择，需通过蓝图研究解锁对应模块。太阳鲸航母、CV3000等舰船若搭载仓储子系统，可临时充当移动仓库，但会牺牲部分战斗效能。此类舰船通常用于远距离资源运输或紧急补给，需根据战术需求权衡使用频率。技术储备充足时，可优先为载机型战舰的仓储模块投入技术值，但需避免过度削弱其核心战斗功能。
战舰仓库的升级与舰队规模直接相关。基地建设需优先提升主力舰生产线和通用港口等级，以解锁更高规格的仓储舰船。采矿过程中需监控资源点储量上限，及时调整工程舰部署。新手保护期结束后，建议为工程舰编队配置防御型护卫舰，防止敌对玩家袭击导致资源损失。舰队仓储系统的置换功能可优化仓库舰配置，但需消耗稀有资源，需谨慎操作。
后期发展阶段，需平衡仓库舰与战斗舰的比例。过度依赖仓库舰会降低舰队作战能力，但完全舍弃则会导致资源链断裂。建议保持3:7的仓库舰与战斗舰配比，并通过技术档案研究持续优化舰船蓝图。参与数据抢救协议等活动可获取逆向拆解技术道具，用于重置仓库舰的冗余模块。最终目标是建立既能高效采集又能快速响应的复合型舰队仓储体系。
